Trường THCS Minh Phương được thành lập năm 1961 với tiền thân là trường Phổ thông Nông nghiệp cấp II Hoàng Hanh; Đến năm 1967 được đổi tên thành trường Cấp II Minh Phương. Năm 2008 trường được sáp nhập với trường THCS Hạc Trì. Năm 2012 trường được tái thành lập theo Quyết định số 8354/QĐ-UBND Ngày 01 tháng 9 năm 2011 của UBND thành phố Việt Trì.

     Những ngày đầu tái lập, cơ sở vật chất còn khá nhiều thiếu thốn: Trường chỉ có bảy phòng học, một phòng kho thiết bị, mọi hoạt động của nhà trường và các bộ phận khác phải dùng tạm ở lớp học. Đến nay, cơ sở vật chất của Trường đã được xây dựng tương đối khang trang, có các phòng làm việc riêng cho từng bộ phận, phòng thực hành, thư viện phục vụ cho giáo viên và học sinh, phòng Tin học được trang bị 35 máy tính. Từ bảy lớp với 152 học sinh khi mới tái lập, đến nay Trường có 13 lớp với 549 học sinh, tỉ lệ xếp loại hạnh kiểm khá, tốt luôn đạt trên 96%, tỉ lệ học sinh xếp loại học lực khá, giỏi đạt trên 50%, tỉ lệ đỗ tốt nghiệp THCS đạt gần 100%, tỉ lệ học sinh vào các trường công lập phổ thông trung học luôn nằm trong tốp đầu các trường cùng hạng.

     Với những nỗ lực cố gắng, nhiều năm Trường được cấp trên công nhận danh hiệu Trường tiên tiến và tiên tiến xuất sắc, có nhiều tập thể, cá nhân đạt danh hiệu Chiến sĩ thi đua, giáo viên giỏi cấp thành phố, cấp trường nhiều năm liên tục. Trường đã được công nhận trường chuẩn Quốc gia năm 2013. Năm 2018 Trường tiếp tục được công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia. Năm 2019 Trường được công nhận Kiểm định chất lượng giáo dục cấp độ hai và đạt chuẩn Quốc gia mức độ một. Đặc biệt, năm học 2021-2022, Trường được Bộ GD&ĐT tặng Bằng khen.

      Nhằm thi đua lấy thành tích chào mừng 40 năm ngày Nhà giáo VN 20/11/1982 – 20/11/2022 và 10 năm tái lập trường THCS Minh Phương (2012 – 2022), nhà trường đã phát động nhiều phong trào thi đua như: thi đua Dạy tốt - Học tốt, Thao giảng, Thi vẽ tranh về trường em, thi làm báo tường... thu hút sự hưởng ứng nhiệt tình của giáo viên và học sinh toàn trường.