Theo bản “Lâu Thượng thần tích ngọc phả cổ truyền” được lưu tại đình Ngoại - Lâu Thượng do Hàn lâm viện đông các đại học sĩ Nguyễn Bính (1525 -  1605) phụng soạn năm Hồng Phúc nguyên niên (1572) thì chùa Bối Linh là nơi bước đầu Hai bà Trưng tập hợp lực lượng, chiêu hiền đãi sĩ chuẩn bị tinh binh cho cuộc khởi nghĩa sau này. Chính tại ngôi chùa này, Trưng Trắc đã thảo tờ hịch rồi trao cho em là Trưng Nhị đi chiêu hiền tụ nghĩa. Bãi Dầu trên sông Lô là nơi hội quân; bến Vò xóm Sải là nơi làm lễ tế cờ và khao quân trước khi kéo quân về làm lễ hội thề sông Hát trước khi đưa đại binh đi đánh dẹp giặc cướp nước Tô Định.

Bản Thần tích trên còn chép: “Lúc ấy có hai người cháu gái đời thứ 24 thuộc chi trưởng nhà Hùng. Chị có tên húy là Trắc, tên chữ là Đoan, hiệu là Ả Nương công chúa. Em có tên húy là Trong, tên chữ là Nhị, hiệu là Bình Khôi công chúa. Hai chị em đều có nhan sắc tuyệt trần, tài năng đều hơn người. Tuy phận là đàn bà nhưng tài trai anh hùng hào kiệt khắp cả vùng khó ai địch nổi. Cả hai chị em đều tinh thông võ lược, văn võ song toàn, người người đều khâm phục; khen ngợi là  “nữ trung hào kiệt”.

Sau khi Thi Sách là chồng của Trưng Trắc bị Thái thú Tô Định sát hại, hai bà lẩn tránh rồi đi tị ẩn, trước vào ở đất Hoan Châu (vùng Nghệ Tĩnh ngày nay), sau quay về thành cũ Phong Châu và đến ở tại chùa Bối Linh. Tại đây hai Bà cảm hoài công đức của Tổ tông ngày trước đã xây dựng cung cấm cho các hoàng tôn chi trưởng nhà Hùng ngay cạnh khu vực chùa tại hai thôn Nội - Ngoại làng Lâu Thượng, trong đó có hoàng tôn chi trưởng đã sinh hạ ra Hai Bà. Ngày 15 tháng 5 năm đó, hai nàng đã vào chùa làm lễ nương nhờ nơi cửa Phật và ở đó tu hành suốt 5 năm. Trong 5 năm ấy tuy miệng đọc chân kinh cứu khổ, nhưng lòng luôn nghĩ đến tài chí anh hùng, vời hiền kén sĩ, chăm nuôi người già, giúp đỡ kẻ khó; thân gửi cửa chùa, chí nơi lầu rồng, gác phượng, mong muốn sớm dẹp tan giặc xâm lăng, giải phóng đất nước, cứu nguy dân tộc, giữ lại nghiệp xưa họ Hùng”.

Trưng Trắc giao cho em là Trưng Nhị truyền hịch và chiêu mộ binh sĩ tại khắp các vùng miền trong cả nước và nhanh chóng nhận được sự hưởng ứng, tham gia của đông đảo hào kiệt bốn phương. Chỉ trong một thời gian ngắn,  Hai Bà Trưng đã chiêu mộ được hơn 60 ngàn binh sĩ và tổ chức hội quân tại bãi Dầu (bãi nổi trên dòng Lô giang) thuộc địa phận làng Lâu Thượng. Trưng Trắc vào làm lễ dâng hương tại đền thờ Tản Viên Sơn Thánh (miếu Vật, xóm Mai); làm lễ tế cờ và mở tiệc khao quân tại bến Vò (xóm Sải, Lâu Thượng), sau đó làm lễ xuất quân tại chùa Bối Linh để kéo về hội thề cửa sông Hát (nơi ấy nay thuộc xã Hát Môn, huyện Phúc Thọ, thành phố Hà Nội).  

Cuộc khởi nghĩa của Hai Bà Trưng nổ ra vào mùa xuân năm Canh Tý (năm 40 SCN) là cuộc khởi nghĩa đầu tiên của nhân dân Âu Lạc toàn diện và rộng khắp, chống lại thế lực phong kiến phương Bắc. Đó là cuộc khởi nghĩa do phụ nữ lãnh đạo duy nhất trong lịch sử dân tộc Việt Nam, lập nên một Nhà nước vương triều độc lập, thống nhất và tự chủ. Cũng bởi ý chí anh hùng hào kiệt mà trải qua hàng nghìn năm và mãi mãi về sau, sự nghiệp và danh tiếng của Hai Bà còn lưu danh. Chùa Bối Linh trên đất Lâu Thượng vốn đã cổ kính lại càng có giá trị hơn về mặt lịch sử khi gần 2000 năm trước Hai Bà Trưng đã chọn làm nơi tế cờ, chiêu hiền tụ nghĩa, tập hợp lực lượng ban đầu chuẩn bị cho cuộc khởi nghĩa năm 40 sau Công nguyên.

Chùa Bối Linh ngày nay vẫn giữ được dáng vẻ cũ với chất liệu xây dựng bằng gạch, ngói, bê tông, gỗ, đá, Tổng diện tích là 1502,5m², hiện nay đang được địa phương làm hồ sơ đề nghị mở rộng khuôn viên. Trong Chùa hiện còn giữ nhiều tượng Phật, 02 chuông đồng, 01 trống cái hương án, chuông đồng, 04 bộ trường kỷ, mõ gỗ, bàn ghế, mâm, đĩa, lọ bình hoa, cờ thần,  cùng nhiều kiến trúc cảnh quan khác có giá trị.

Chùa Bối Linh đã được công nhận là di tích lịch sử cấp Tỉnh theo Quyết định số 05/QĐ-UBND ngày 03/01/2007./.